有机会活下来。
就在长剑近身之际，李世民突然倾身跨步，躲过了李元吉的击杀，随即聚掌成拳，朝着李元吉的腹部打去。李世民心想着留李元吉一条命，故而这一拳，并没有用尽全力，只打得李元吉涌出一口鲜血，并未伤及五脏及心脉。
李元吉强忍着剧痛，挥剑回砍，李世民连忙用剑鞘进行格挡。不料，李元吉正是狠着心，拼尽了全力，李世民手中的长剑被震落到地上。紧接着，李元吉趁势砍杀，无奈之下，李世民只要从背上取下弯弓与李元吉纠缠。
李世民无论如何也没想到，面对死亡的李元吉，竟然能够迸发出如此强大的战斗力。李世民一个不留神，被李元吉的长剑刺中胳膊。于是，李世民奋力挥动弯弓朝着李元吉的头部击去，李元吉来不及拔出长剑，只得弃了，伸手抢过弯弓，企图用弯弓勒死李世民。
不远处，尉迟恭和侯君集等人率领玄甲军与宫府军激战正酣。尉迟恭担忧秦王安危，时不时地看向甬道处，确认秦王安全才肯放心。这时，尉迟恭回过头看来，正见李元吉用弯弓勒住李世民的脖子。
情急之下，尉迟恭弯弓搭箭，正中眉心，射死了李元吉。
李建成与李元吉伏诛后，尉迟恭和侯君集割下二人的头颅，前往海池向李渊讨要敕旨，并带着宇文士及和裴矩回到玄武门宣敕。然而，冯立与薛万彻根本不相信这一套，照样率军猛攻玄武门，尉迟恭将李建成和李元吉的头颅从城墙上扔下，以瓦解宫府军军心。不料，冯立高喊：“太子遇害，尔等皆是东宫勇士，深受恩宠，当扶太孙继位，以匡正统。”
此话一出，宫府军军心大振，势要为太子报仇，立太孙正统。
眼见着玄武门即将被破，秦琼和段志玄率领二百玄甲军杀到。城上的尉迟恭和张公瑾等人见秦琼到来，群情激奋，随即命人打开宫门，前后夹击宫府军。两军激战二刻，冯立感觉不妙，遂与薛万彻且战且退，转向秦王府，企图用秦王府亲眷作为要挟。
当冯立与薛万彻赶到秦王府时，已是午时二刻，程咬金手持一柄八卦宣花斧，率领一百玄甲军挡在秦王府前。
“二贼还不快快束手就擒？”程咬金大喝一声，吓得宫府军心头一颤。
冯立与薛万彻见形势不对，又率军回赶至东宫，准备带上太孙出逃。没想到，东宫和齐王府早已经被高士廉率领的囚徒军占领，东宫和齐王府中的所有皇孙、皇孙女、侍女及守卫等，尽皆被屠戮。
无奈之下，冯立与薛万彻只好放下手中兵器，对着所剩不多的宫府军说道：“我等尽力拼杀，斩贼将敬君弘、吕世衡等，然太子已逝，无力回天，尔等各自散去吧！”
就此，轰轰烈烈的玄武门之变落下帷幕。
武德九年，六月初四下午，李渊颁布《诛建成元吉大赦诏》：
“朕恭膺宝位，临驭万方，绥育黔黎，于兹九载。欲使仁惠之政，达于天下；德义之方，孚于宇宙。岂谓莫大之衅，近发萧墙，反噬之恶，灭于天性。皇太子建成，地居嫡长，属当储贰，处以少阳，冀克负荷。遂昵近群小，听受邪谋，蔑弃君亲，离阻骨肉，密图悖逆，潜为枭獍。司徒齐王元吉，寄深盘石，任惟翰屏，宠树既厚，职位非轻。背违天经，协同元恶，助成隐慝，递相驱扇，丑心逆迹，一旦尽彰。惟彼二凶，罪穷数稔，祸不旋踵，用取屠戮。念兹丑恶，惭恨盈怀。今祸难既除，氛祲澄荡，国步夷坦，政道惟新，思与万民，涤除更始。可大赦天下。自武德九年六月四日申时已前，罪无轻重，已发露未发露，系囚见徒悉原免。凶逆之事，止在二人，自馀徒党，其被诖误，一无所问，各从旷荡。其僧尼道士女冠宜依旧，军国事皆受秦王处分。”
两日后，李渊立李世民为太子，各种政务皆由其决断。六月十三日，李世民下太子令：“依照礼法，凡有‘世民’两个字不连续的，无须避讳。”十五日，废除陕东道大行台，设置洺州都督府；废除益州道行台，设置益州大都督府。二十六日，幽州大都督庐江王李瑗图谋叛逆，被李靖镇压。二十九日，李世民撤销天策府。
武德九年八月初九，李渊传位给李世民。李世民在东宫显德殿即位，派司空、魏国公裴寂在南郊烧柴祭天，大赦天下。李靖时年五十五岁，官拜灵州道行军总管，兼领刑部尚书衔。