在圣迹中见到了苍玄老祖的执念，了解到当年其陨落的原因、圣族、诸天九印等。吸收圣血，一步迈入了准太初境，玄蟒鳞化为紫金色彩。圣迹结束，周元与夭夭加入了苍玄宗。赵盘不顾身份对周元出手，被周元躲过。随后赵盘恼羞成怒，惹出了苍玄老祖执念，赵盘瞬间被打得不知死活。
众人来到圣州大陆。入苍玄宗，陈猿私自卖一等弟子的名额，被穆无极道破，并为周元、夭夭争取到了外山一等弟子的名额。陈猿耍手段让韩山挑战周元，取代其成为一等弟子，被周元一拳击败。
因为击败了韩山导致韩山的朋友祝峰记仇。在自己要去修习化虚术的时候其指点化虚术的导师:祝岳为了帮自己的兄弟讨回公道而不指点。后来被夭夭告知破障圣纹可以用于学习源术从而用破障圣纹来修习化虚术。
周元为了赚取源玉而选择用破障圣纹来指点顾红衣及其他的外山弟子化虚术。因此导致得罪了祝岳，祝岳便在陈猿的怂恿下与周元比拼化虚术但因周元的神魂突破至实境落败而失去了指点他人化虚术的权利。
因为周元教导顾红衣化虚术导致陆风处处刁难周元。并在选山大典上曾一度因源兵占了下风而吃亏，但后来天元笔进化出
入圣源峰后拒绝加入陆宏一脉，选择沈太渊一脉，并被沈太渊重视。因被沈师礼遇而被其他弟子嫉妒，向曹狮邀战，依靠九龙典八龙击败曹狮。源池洗礼时因祖龙气而吸引大量水兽围攻，依靠吞吞获取源髓。误入李卿婵属地目击其净身遭追杀，被夭夭所救，后以帮助李卿婵夺千丈水兽源髓达成和解。对千丈水兽时利用叶歌所留的源纹结界击败千丈水兽。之后在李卿婵的帮助下得到一颗千丈水兽源髓，获得八龙洗礼。
洞试时一拳击败陆宏一脉两位弟子，以九龙典九龙击败卫幽玄，获得紫源洞府及作为奖励的天阳神录源材。夭夭遭灵纹峰弟子为难时与夭夭一同破阵，与金带
洞试结束后，在圣源峰遇到玄老，在他的帮助下，修炼太乙青木痕。之后怨龙毒爆发，夭夭用吞吞的血帮其镇压。参加苍玄宗的任务，与李卿婵和赵烛等人前去黑炎州抢夺源脉，获得首功。回到宗门后，修炼玄老所给的小玄圣体。在首席之争时，与陆宏一脉相争，击败袁洪，成为圣源峰首席，在圣源峰中获得
半年后，玄源洞天开启，圣州大陆诸多宗门都派弟子前往争夺机缘。在洞天中，与圣宫针锋相对，先后斩杀圣宫首席宁墨（被周元重创，被范妖夺取四色筑神异宝而死）、范妖，断圣宫首席赵鲸一臂，重创圣宫圣子柴嬴，圣宫圣子铁魔、雷俊，在最后的大战中，楚青对阵圣宫
周元突破九重天巅峰时，圣宫中武煌凭借血修罗之身，打败姜太神，成为圣子榜
在周元回大周时，圣宫弟子和苍玄宗弟子打了起来。周元与武煌交战，虽然武煌是
之后周元成功突破到神府境，自身气府进化为混沌九神府，然后在与武王的对战中斩其肉身，但武王的神魂逃离，周元只身前往大武都城，与从混元天回来的武瑶见面，武王神魂则被武瑶所灭。武瑶欲夺周元圣龙之气，夭夭却于此时出现，两女一场大战即将开始，周元却又遭武瑶仰慕者赵云霄偷袭，随后武瑶离开。
从来自天云阁的神府境口中得知圣印被隐于雷击之地，为避免圣纹被察觉决定先行寻觅圣印，从黑毒王的口中察觉到圣印被隐于黑渊，与夭夭一同前往寻找。在黑渊雷池中寻出圣印，但因此暴露圣印所在引来苍玄天所有顶尖强者。因天圣殿殿主的威胁，夭夭解开了封印，周元听从玄老的建议与玄老一同将圣纹置入圣印中，唤醒苍玄老祖的残魂，被苍玄老祖借用肉身对抗圣元及外界的圣族强者，但因圣元以肉身接引圣族达到圣者二莲境而陷入绝境。情急下以苍玄老祖残留的力量击碎圣印，使得圣印化为无数碎片四散各地，并企图引爆剩余力量让夭夭逃走，因苍渊及时赶到而化解危局，然而夭夭因解除封印的力量过强面临身躯崩解的危机。随后被苍渊带离苍玄天，并为了救夭夭前往混元天。
抵达混元天的时候，因为圣族的攻击陷入昏迷，意外砸死邱家小儿子邱阳，并引发州主之争，途中认识伊秋水等人，在州主之争上，将莫渊重创，帮助伊秋水获得州主之争的胜利，被伊秋水带领前往天渊洞天，秘密拜见了二师姐郗菁，被其授予风阁副阁主的职位，前往风阁，并结识叶冰凌等人。在风阁修炼期间神魂实力抵达化境，并发明了风母纹，与吕霄等人结仇，在风阁阁主之争上击败陈北风，成为风阁阁主。其后努力提升实力，准备在四阁之争上夺得四阁总阁主之位。前往雨州寻找天湮兽心以进化天元笔，并将前来暗袭的火阁副阁主方鳌斩杀。因方鳌被杀一事，玄鲲为保住锡光长老一职，被迫答应郗菁这次天炎祭改为自由竞争，天炎祭需神魂夺炎，周元操练风阁所有成员神魂，提前修炼魂灯术，与林阁合作天炎祭共同抗衡火阁和山阁。晋级神府境后期，参与总阁主之争，依次击败韩渊、吕霄，成为四阁总阁主，接受三山盟陈玄东的挑战并将其击败。与苏幼微重逢，并参与九域大会，一人击败卢海等五位超级黑马。进入远古地域，寻找先天灵机，并在
九域大会后突破至天阳境。凝结成琉璃天阳后被来自夭夭的紫色神秘物质将琉璃天阳周身纹上了一层祖纹。后为了证明自己的实力，来到天渊域西北边境由伊阎长老镇守的赤炎城接受猎杀猎杀榜单上的人的任务。与伊秋水等人去往天火古林猎杀张子郝，一拳击杀了张子郝后找到了
天渊域招兵买马，为诸天气运之争作准备。出手震慑加入天渊域队伍的散修代表韩金鹤等三人，并予其副队长职位。前往天柱峰商议，遭王玄阳挑衅，并以强大的神魂之力化解其袭击。
前往古源天，带领天渊域队伍搜寻祖气支脉。由于使用了破障圣纹辅助选择，天渊域首次探索收获颇丰。
继续探索一段时间后，成功融合苍玄七术，将融合而成的圣源术初步修成。收到有关苍玄天方面的消息。带领天渊域队伍援救来到古源天的绿萝、左丘青鱼，并震退围困她们的御兽域
围猎苍玄天（圣宫除外）队伍的乃是圣族四天中的圣灵天的队伍，苍玄天困局难解时领天渊域队伍赶到，击退圣灵天并重创领队吉摩、韦陀。经商议将苍玄天队伍收编。
击退圣灵天后，收到有关玄迹的消息。赶