又是晴朗的一天，小智拽着小刚让小刚用六尾和他的皮卡丘进行对战练习。小刚答应小雪帮其照顾六尾，自然也要让对方的实力有所增加，便同意了。两人战的倒是激烈，路卡利欧在一旁记录数据，超梦站在河边疑似在思考哲学。小霞本打算吊水系小精灵的，奈何超梦这个大神往那边一战，小精灵什么的谁敢过来？无奈之余的小霞也只能给自家小精灵清洗身体了。
小茂难得没有去整理什么数据，而是看小智和小刚的对战。正看的有些手痒，打算一会儿跟小智切磋一下时，胖丁不知道从哪里冒出来了。
皮卡丘和六尾此刻正准备释放电击和喷射火焰，胖丁的突然出现，打乱了战斗步伐。小智和小刚急忙让它们两只停手，然而绝招已经准备好，皮卡丘和六尾只好在匆忙之下，将目标转移。
喷射火焰和电击打向身后空地，传出巨大的爆炸声。声音传的极远，引起了在这周围考古作业的队伍的注意。鉴于担心这周围的遗迹被毁，考古队商量了一下，决定过去看看。
小智一行人对此并不知情，因为他们此刻看到了一个硕大的钟，钟前有台阶，台阶前摆着一张桌子，上面摆着一个漂亮的类似于哑铃形状的东西。
路卡利欧看着趁他们不注意，就偷跑掉的胖丁，松下一口气。好在胖丁知道自己惹祸偷溜了，否则它要是唱起歌，只怕他们这大白天的就要被强迫睡觉了。最近它在电脑上浏览时，睡太多对身体并不是很好。
超梦没去关注那力量不及自己的胖丁，一双眼紧紧盯着被小刚拿在手里的东西。从那里他感受到了一股强大的力量，虽然比他差了一些，但总有一战之力。
就在小智他们观看这个奇怪而又漂亮的东西时，一双带着白手套的手，极快的从小刚的手里拿走了那东西，路卡利欧在感受到有人接近后，便告诉了小茂。小茂在发现这些人是考古人员后，便松了口气，跟超梦谈了一下，结果忘记告诉小智他们。当耳边响起惊讶声时，小茂才想起来，自己似乎忘记通知他们了。淡定的小茂决定就当自己也不知道好了。听到小茂心里话的路卡利欧和超梦一脸黑线的看着小茂，敢不敢再应付一些？
拿走那东西的是个跟小刚差不多大，留着过短发的少女，少女拿着放大镜，仔细的看着手上的物品，似乎做着某种判断“这个…不会错了。”说完，似乎是坚定自己想的没有错，不由露出开心的笑颜。
小智和小霞呆呆的看着这个刚才公然抢走她们所发现的遗迹物品的少女，对着手指轻声道“小姐。”
然而少女并没有理会想要寻求解释的两人，而是兴奋的冲着来时的方向挥手道“团长，发现金色之眼了。”
听到少女说金色之眼，小茂觉得自己似乎在那里听到过。而这时，小女带着名为‘金色之眼’的物品跑到一个穿着跟她类似服装大背头，戴着眼镜，有着小胡子的中年男人面前。将手上的东西递给了对方。
中年男人相信少女的眼睛，不由表扬少女做的很好。小刚从在这种偏僻地方还能看到少女的惊讶中回过神，立马微微脸红的凑过去，自我介绍到“你好，我是第一个发现的人，我叫小刚。今天黄道吉日，事业有成。”
少女听到小刚这么说，一脸感激的握着小刚的手道“他感谢你了，我叫怀特，请多多指教。”说着说着，少女又将注意力放回到‘金色之眼’上“可是没想到，这么快就发现到了，我有点不敢相信。”
经过小刚的一打岔，小智倒是从那个‘金色之眼’上的注意力转开了。看着那个叫做怀特的少女，他还以为小刚的春天来了呢，刚跟小茂说完，就看到少女将注意力转回到‘金色之眼’上。无奈的摇了摇头，果然小刚又要‘失恋’了。
“做得好哎，博士。这下子你的假设终于是获得证实了。”那个拿着‘金色之眼’的大叔握着怀特的手，恭喜道。
小智和小霞努力表示自己的存在感，顺便想知道一下那个‘金色之眼’到底是什么东西。他们看上去对它很重视。而小茂也终于想象起来，‘金色之眼’为何如此耳熟了。原来小智的运气真的就比自己好到爆？神兽，精灵奇遇，未解之谜。这比他当年自己找容易太多了，这样下去他肯定能比上一辈子更早获得博士。
就在小茂感叹小智的好运，怀特已经跟他们考古的领队人商量把营地扎到这里了。而且是全票通过，赤果果的忽略了他们这四个大活人外带五只小精灵。
终于怀特和团长说完，才注意到小智和小霞，然而说出的话却让小智和小霞瞬间无力“哎，你们是谁啊？”
小茂听到这句话，看着小智跟斗败了的公鸡一样。轻笑出声，为了使自己不那么唐突，便开口道“我们是在这里做对战练习的训练家，我是小茂。”然后拍了拍小智的肩膀“这个是小智，他旁边的是小霞。我们跟小刚是这里的第一发现人。”虽说都是某胖丁突然出现，他们才简单粗暴的发现了这遗迹。
怀特当即又感谢了他们一番，那激动的模样让小智他们猜测，对方只是激动找到遗迹，而不是真的记住他们名字了。就在他们这边交流的有些怪异时，宛如在他们身上装了跟踪器一般，总能找到他们的火箭队，正用望眼镜看着这边。在看到遗迹后，眼睛都变成金币了。
对这一切毫不知情的考古队现在已经着手开始研究了，而小智一行人终于有点存在感，被怀特邀请到他们的帐篷内，看他们的收获。
桌子上摆着一个可达鸭的泥偶，怀特跟他们说，可达鸭是被供奉时。小霞不由感叹出声“居然崇拜可达鸭，超古代文名真是不可小视啊。”
“神奇宝贝文明？有关于这些，我以前在书上读过。”小刚为了将自己的存在感凸显一下，努力回想着。
“神奇宝贝文明？”小智疑惑的看向小茂，而小霞经过小刚提点，想起来自己以前也在书上看到过“我记得书上说，发生了天灾地变一夕之间消失的古代都市。没错吧？”小霞说完有些不自信的看向小茂。小茂点了下头，对于自己成为这个小团体的智囊角色淡定接受。
“他们把神奇宝贝当成超自然的力量，加以崇拜，虽然地点一直没有找到…”说着小刚激动的看向怀特“该不会就是在这里吧？”
“在这座山上挖掘到的东西，证实了那个传说