所由将军近臣“近习”、“奉公众”以“代官”身份负责管理，并代征“年贡米”、“年贡钱”，作为将军家的生活费用与“代官”的俸禄。
虽然也会向诸国守护、地头课税，但基本没人会听命。
室町幕府采取各种方式，包括但不限于在京畿（日本京都）内的交通要道设“关所”，征收“关钱”，或在渡口收取“津料”。
又对京都内外的“土仓”（当铺）与“酒屋”（酒坊）课征“仓役”、“酒屋役”。
还经各地守护、地头向“公田”征收“段钱”，向“在家”之民征收“栋别钱”。
如临时有事而财政不足时，也向“有德人”（富豪）借贷。
所以，室町幕府的财政自始至终很不稳定。
为了解决财政拮据的问题，与大明进行“勘合贸易”，也迅速成为幕府的重要财源。