葛礼、江苏巡抚张伯行奉旨陪审。
堂上询问时，副主考官赵晋当堂供认受贿黄金三百两，阅卷官王曰俞、方名也供认徇私舞弊，将在卷中做了暗记的程光奎、徐宗轩、吴泌等点了举人。
案情到此时脉络已经清楚，三个考官当堂被革去功名，收监看管。下面只要取出吴泌等行贿者的口供，将受贿钱财数额查清，就可结案了。
张鹏翮正为这个案子审得顺利而庆幸，却不料在审讯行贿人程光奎、吴泌的时候，发生了一件意想不到的事情，使得波澜突起，案情一下子又复杂起来。
程光奎、吴泌等被带进了大堂，张鹏翮先试了试这两名“举人”的学识，结果吴泌连两句《三字经》都背不顺溜。程光奎更加可怜，默写《百家姓》只“赵、钱、孙、李”四个字就写错三个，写对了的一个“钱”字还歪歪扭扭。钦差对这个只认识“钱”字的考生万分鄙视，含怒问道：“尔等到底行贿多少，才买来这举人功名？”程光奎自知难以抵赖，只好如实招供：“大人息怒，小人出了黄金十五锭，每锭二十两。”吴泌也跟着供认自己行贿数额与程光奎相同。吴泌刚刚招完，只听得一声惊堂木响，江苏巡抚张伯行拍案而起，厉声喝问：“主考官赵晋只收到十五锭金，另外十五锭哪里去了？”程光奎支支吾吾推说不知。
后来再三追问下，吴宓才道：“是小人托前任巡抚的家人李奇代送的。”张伯行立即拿起一根火签，传令速拿李奇到案。总督葛礼起身阻止道：“李奇乃前任叶抚院的亲信，大人轻信供词，缉拿于他，恐怕叶巡抚面上不好交待。”张伯行正色答道：“王子犯法与庶民同罪，李奇与御案有牵，焉能不问？”二位钦差也觉得应当穷追到底，于是李奇很快被捉拿到大堂上了。
大堂之上，众目睽睽之下，经过再三的询问和盘查，最后由于摄于公堂的威严肃穆，李奇说出了事实，他说：“还有十五锭，赵主考让小的交给了泾县知县陈天立，听说是留给了现任的……总督大人……”
顿时一片肃静。
大人们审来审去，谁也没想到竟审到总督大人葛礼的头上来了！
只见此刻，巡抚张伯行的目光剑一般地射向总督葛礼，而葛礼面色铁青，两目呆直，双手竟有些微微颤抖，好一会儿才定下神来拍案怒吼：“大胆刁民，竟敢当堂诬陷封疆大吏，来人，拖出去乱棍打死！”张伯行急忙站起身来喊声“且慢！”衙役们慌忙停下，张伯行对葛礼拱了拱手说：“犯人口供尚未录全，岂能轻易棒杀？大人心无芥蒂，何必怕人诬陷，不妨让他把话讲完，钦差在上自有定夺。”葛礼越发恼怒，吼道：“刁民信口雌黄，搅扰公堂，难道你就容他肆意乱咬？李奇如此大胆，想是有人指使，本督却容不得他。”说着把头转向不知所措的衙役，喝道：“你们还站着干什么?还不与我拉下去加力地打！”张伯行把脸一沉威严地说：“有本院在此，你们哪个敢打！”
公堂上气氛立刻紧张了起来。
督抚二位大员一个要审，一个要打，怎么收场呢？两位钦差此刻也是目瞪口呆，一时难以决断。大堂之上差役们面面相觑，不知所措。总督葛礼和巡抚张伯行怒目相视，似乎还要争吵。
过了足有半袋烟的工夫，两位钦差才耳语了几句，张鹏翮站起身来宣布：“李奇诬陷朝廷重臣，罪不容诛，且将他重镣收监，严加看管。本案今日审理到此，退堂！”
而之后不久，皇上就接到了巡抚张伯行的奏折，实际上在张伯行奏折上来之前皇帝早已嘱咐他安排在江南的亲信，李述、曲乃实等不断密报审案消息，对江南大审情况已经了如指掌。
而张伯行的此篇奏折理直气壮，使皇帝很受感动。
但就在同时，皇上也接到了葛礼的奏折：他参劾张伯行挟嫌诬陷封疆大吏，监毙要犯。折中列出张伯行七大罪状，仅其中私刻书籍、谤诽朝政一条就足够灭门之罪。
皇帝本太不信，但李述等人也曾多次密告张伯行确有刻书之举，又使皇帝不敢全面否定葛礼之言。
拿着两份奏折，皇帝犯起了踌躇，心中只埋怨张鹏翮和赫寿，去了两个多月竟没有一道有点主见的奏章。但是，皇帝对江南科场案的态度是十分明朗的，一心要查个水落石出。现在督、抚互相弹劾，且都被卷进案中，如果不采取措施，恐怕越审越乱，想来想去，皇帝决定暂时将张伯行和葛礼都解任，减少干扰，然后严令张鹏翮二人将科场案和督抚互劾案一并加速审清，皇帝明确表示案中不管牵进何人也要彻底究清。而且皇帝还特别指出：“证人李奇和泾县知县陈天立是本案关键，必须要这二人当面对质清楚，查明余下的十五锭金子的下落才是破案关键，两位钦差应对此格外用心。”
圣旨发下十天，仍不见张鹏翮的确实结论。却接连收到江宁织造曲乃实和苏州织造李述的三道密札，报道审案过程中又出了新的波澜。李奇与陈天立对质后，陈天立供认出确实接到了李奇送来的十五锭黄金，但问到交给谁了的时候，他却吞吞吐吐不肯说。就在钦差准备再次拷问之际，陈天立却突然在监中自缢身死，造成了死无对证的局面。
案子越审越复杂，而且江南士子近日又有聚众闹事的趋势，已有人贴出歌颂张伯行德政的歌谣，也有人为葛礼鸣不平，江南舆论众说纷纭，莫衷一是。曲乃实和李述都是自己的绝对亲信，他们的奏折是完全可信的。
皇帝简直有点头痛了，他万没有想到这个案子会如此曲折，同时他对江南民心的不稳也感到忧虑。但他到底是一位十分精明的皇帝，从一连串的事件中，他已肯定案情的缘由。而张鹏翮身为钦差，竟然眼睁睁看着要犯自缢，实在是失职！皇帝对张鹏翮已由信任变为怀疑，于是，当天就发下两道圣谕，一道是催张鹏翮、赫寿火速将勘查结果报上来，一道是密令安徽巡抚暗中查访陈天立的死因。
张鹏翮这位素以精干著称的官员也睡不着觉了，他与赫寿再三商议，拟就了一道奏折，大意是：“葛礼参劾张伯行指使证人，诬陷大臣及私刻书籍诽谤朝政都查无实据，张伯行参劾葛礼受贿出卖举人功名之事也属虚妄。但张伯行心性多疑，无端参劾总督，造成督抚互劾，江南大哗，照律应予革职。”
张伯行知道科场案如此了结，顿时心如火焚，于是他又写了一道奏疏指出：“科场舞